Almacenes
El puerto de Fortaleza cuenta con cinco almacenes de primera clase. El áres que cada uno de estos almacenes ocupa alcanza los 6.000m2 con unas medidas de 150m x 40m/

Detrás de los puntos de atracaje 101 y 102 pueden encontrarse los almacenes A1 y A2. Estas facilidades tienen como finalidad la de almacenar materias en bruto y especificamente trigo y maiz están arrendadas a terceros. La capacidad estatica de almacenaje del A-1 es de 30,000t e la del A-2 de 40,000t

Detrás de los puntos de amarraje 103 y 104 se encuentran los almacenes A3 y A-4. El almacén A3 es exclusivamente utilizado para el almacenamiento de materia en bruto, teniendo una capacidade de almacenaje de 30.000t, mientras el almacén A4 se usa para almacenar cargamento general importado.

El almacén A5 est;a localizado en el punto de amarraje 105. Su finalidade es la de almacenar cargamento general para la exportación.

Patios
El puerto de Fortaleza tiene 2 patios para almacenaje de containers, siendo un a la retraguarda de los almacenes A-3 y A-4, con 50.000m2 de área, y el otro, de trás del almacén A-5 y del punto de atracaje 106, con 60.000m2 y con 120 soquetes para suplir containers frigoríficos.

Silos
El puerto de Fortaleza no cuenta con su propio sistema de almacenamiento de silos. Los silos ya existentes pertenecen a compañias privadas instaladas en la área del puerto y la parte trasera del mismo.

Molino Dias Branco
- Total de la área ocupada: 10.600m
- Caracterítica: 1 silo vertical con 30 celdas y 13 celdas internas
- Capacidad estática total: 80.000t
- Velocidad de manejo nominal: 300 t/h
- Propósito: Almacenamiento de grano de trigo

Gran Molino Cearense
- Total de la área ocupada: 12.000m
- Caracterítica: un silo vertical con 16 celdas y 5 celdas internas
- Total de la capacidad estática: 22.000t
- Velocidade de manejo nominal: 100 t/h
- Propósito: almacienamiento de grano de trigo.

Molino Fortaleza
- Total de la área ocupada: 12.000m
- Caracteristica: un silo vertical con 12 celdas y 5 celdas internas, un silo horizontal.
- Capacidad estatica total: 16.350t

Deposito de Combustible
El puerto de Fortaleza no está quipado con sus propios depósitos de combustible. Los depósitos existentes pertenecen a aquellas compañias distribuidores de petróleo y derivados instaladas en la parte trasera del puerto.