El antiguo puerto de Fortaleza estaba ubicado en la parte central de la ciudad, cerca del monumento Cristo redentor y de la Catedral de Fortaleza.

Los primeros técnicos en estudiar las condiciones del antiguo puerto de Fortaleza propusieron la construcción de un rompeolas sobre los arrecifes y la playa, y de un muelle o puente para el atracaje de navíos. Ellos aconsejaron el profundizamiento del Canal Barreta, destryéndose parte del arrecife si fuese necesario, de tal manera que aumentase la velocidade de las corrientes y así evitar el acumulo de sedimento en el puerto.

En 1875, Sir John Hawkshore, siguiendo las ideas de Zózimo Barroso y C.Neat, propuso la construcción de un rompeolas de 670, de longitud en el viejo puerto y conectado a la costa por un viaducto abierto.

La construcción del rompeolas comenzó solamente en 1887 debido a la gran dificultad en obtener la piedra necesaria para el trabajo. Sin embargo, su ejecución fue impedida por el acumulo de arena causado por la acción del viento en la ensenada protegida por el rompeolas.

En 1897, estas obras fueron suspendidas cuando el rompeolas ya contaba con 432m de longitud. Debido al fracaso del plan de Hawkshaw, las condiciones operacionales para embarque y desembarque en el viejo puerto se tornaron intolerables tanto para pasajeros como para el intercambio mercadurías.

En 1908, una comísion liderada por el ingrniero Manoel Carneiro de Souza Bandeira prosiguió con una investigación
detallada y comprensiva del viejo puerto y la Bahía de Mucuripe, realizándose estudios topohidrográficos y de los padrones del viento, mareas, corrientes y el movimientode las arenas.

En 1910, un relato fue publicado en el cual ek ingeniero Souza Bandeira presentó los resultados de todas las investigaciones realizadas en ceará y los estudios previos para el desarollo de un proyecto de renovación para el viejo Puerto.

En 1918, el ministro de transporte y obras públicas apoyó la necesidad urgente de ejecución de trabajos para mejorar el puerto de Fortaleza, pues las condiciones de embarque y esembarque de pasajeros e mercadurías estaban tornándose cada vez mas difíciles y peligrosas. Este era, entoces, la ocasión perfecta para realizar las obras de mejoría del puerto, según el plano elaborado por el ingeniero Souza Bandeira, pero como resultado del aumento en los salarios y el costo de materiales de construcción en la época, la implementación de este proyecto se tornó inviable.

En el mismo período, el ingienero Lucas Bicalho, que administrababa la Autoridad Portuaria, pensó en la implementación de otro plan de mejoría, menos caro, semejante al de Hawkshaw destinado a satisfacer el requerimiento de suplir una extensión suficiente de muelle bien-equipado hasta una profundidad de 8m.

En 1920, por medio de la ley No 14.555, el proyecto organizado por la Autoridad Portuaria fue aprobado, y en el año siguiente la Firma Norton Griffiths fue contratada por la administración para realizar la construcción. El trabajo continuó en 1922 y 1923, pero fue suspendido poco después por varias razones administrativas.

El 20 20 de Diciembre de 1933, bajo la ley No 23.606, el gobierno del Estado do Ceará recibió financiamiento para la construcción, equipaje y desarollo del puerto de Fortaleza. El período de financiamiento fue de 60 años, contándose a partir de la fecha de registro del financiamiento en el Tribunal de Cuentas de la Unión.

La ley Número 544, de 7 de Julio de 1938, enmendó l aley No 23.606 en la cláusula que se refería al lugar de contrucción del puerto, transferiéndolo a la Ensenada do Mucuripe.

En 1939, el sitio de construcción fue establecido para la implantácions de infraestructura en la primera parte del muelle. Los primeros fundamento fueron ejecutados por La Compañia Nacional de Construcción Civil Hídrica ( CIVILHIDRO ), obteniendo como resultado la incorporación de 426m de embarcadero en el Puerto de Fortaleza.

En 1952 parte de la primera porción del muelle de 6m y los almacenes A-1 y A-2 fueron construidos.

1953 vio el atracaje del navío a vapor "bahia", el primer navío en atracar en el nuevo puerto de Fortaleza.

Durante 1964, el almacén A-3 fue construido, y comenzaron las primeras obras para la construcción de la terminal de pasajeros, el muro perimetral y el muelle con 8m e profundidad.

En 1968 fueron inaugurados el almacén A-4, la extensión del muelle de 10m de profundidad y la "terminal de Pasajeros".

En el año de 1980 fue inaugurado el muell pesquero, en 28 de enero de 1982 fue inaugurado el píer petrolero del puerto y en 1984 el almacén A-5.